Shinji erträgt das Leben als EVA-Pilot nicht länger und macht sich aus dem Staub, um ziellos in der Stadt herumzuirren. Dabei trifft er in der Nacht auf seinen Klassenkameraden Kensuke, wird aber kurze Zeit später von NERV-Agenten eingesammelt. Nach einer Schelte von Misato, die nicht will, dass Shinji nur aus Gefälligkeit und schlechtem Gewissen in den Kampf zieht, macht Shinji sich daran, Neo-Tokyo 3 ein für alle Mal zu verlassen. Bei einem letzten Gespräch mit seinen Schulfreunden besteht Tôji darauf, dass Shinji ihm den ihm verpassten Schlag zurückzahlt.

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