John M. Slattery Jr. ist eines von sechs Kindern einer irisch-stämmigen Familie. Er träumt davon eines Tages Baseballspieler zu werden. Doch es kommt ganz anders. John besucht eine katholische Jungenschule und erhält 1984 seinen Bachelorabschluss in Kunstwissenschaften von The Catholic University of America.
Seine erste TV-Rolle übernimmt er 1988 in der kurzlebigen Serie Dirty Dozen: The Series. Danach ist er als Gast in verschiedenen Serien zu sehen, bis er 1991 für 38 Episoden die Rolle des Al Kahn in Homefront spielt. Mitte der 1990er Jahre versuchte John Slattery seine Filmkarriere in Schwung zu bringen und wirkt in „Eraser“ (1996), „Sleepers“ (1996) und „City Hall“ (1996) mit.
Ab 1998 nimmt John Slatterys Fernsehkarriere an Fahrt auf und Slattery ist regelmäßig in Serien zu sehen. So ist er 1998 in zwei Episoden von Party of Five zu Gast und spielt 1999 in ebenfalls zwei Episoden Wills (Eric McCormack) Bruder Sam Truman in Will & Grace. Er ist zwischen 1999 und 2000 die erste Besetzung des Michael Cassidy, dem Ex-Mann von Amy (Amy Brenneman) in Judging Amy bevor Richard Burgi die Rolle 2002 übernimmt. 2000 wird John als Politiker Bill Kelley zum love interest für Carrie (Sarah Jessica Parker) in Sex and the City.
Der Schauspieler John Slattery ist danach weiterhin sehr gut beschäftigt, unter anderem mit größeren Rollen in Ed (2001-2002) und K-Street (2003). 2003 ist er als Freund von Julia Roberts' Charakter im Film „Mona Lisas Lächeln“ zu sehen. Er wirkt in Jack & Bobby (2004-2005) mit bevor er 2007 zum love interest Victor für Gabby (Eva Longoria) in Desperate Housewives wird und der Wisteria Lane für 14 Episoden treu bleibt.
Ebenfalls 2007 ergattert John Slattery die Rolle des gewieften Frauenhelden Roger Sterling in der AMC-Serie Mad Men an der Seite von Jon Hamm. Bei fünf Episoden steht er selbst als Regisseur hinter der Kamera und gemeinsam mit seinen Mad Men-Kollegen gewinnt er 2009 und 2010 den SAG Award.
Zuvor spielt John Slattery auch die Gastrolle Claude Dumet in Wet Hot American Summer und wird für den Critic's Choice Television Award nominiert. Es folgen die Filme „Ted 2“ und „Ant-Man“ (beide 2015) in dem er den Charakter Howard Stark spielt. In „The First Avenger: Civil War“ (2016) und „Avengers: Endgame“ kehrt er in die gleiche Rolle zurück.
An der Seite von Tina Fey spielt er ebenfalls 2016 in der renommierten Polit-Satire Veep die Rolle des Charlie Baird.
In der FOX-Serie neXt spielt er in der TV-Season 2019/2010 die Hauptrolle.
Slattery ist mit Schauspielerin Talia Balsam verheiratet, die in Mad Men seine Ex-Frau Mona spielt. Gemeinsam haben sie einen Sohn, Harry.