John Francis Daley ist in Wheeling, Illinois, zur Welt gekommen und ist der Sohn des Theaterschauspielers R. F. Daley und einer Klavierlehrerin. Aufgewachsen ist Daley in Nyack, New York. Zu seiner Schauspielleidenschaft fand er schon als Kind, nachdem er für die Rolle des jungen Tommy in der Broadway-Produktion „The Who's Tommy“ übernahm.
Karriere
Seine erste Fernsehrolle übernahm der Schauspieler in der Serie Freaks & Geeks (1999-2000), wo er Sam Weir spielte. Seitdem ist er kontinuierlich auf dem Fernsehbildschirm präsent. Nach einer wiederkehrenden Rolle in Boston Legal (2000-01), wo er an der Seite seines Vaters spielte, folgte eine der Hauptrollen in der kurzlebigen Comedy The Geena Davis Show (2000-01).
Daley erschien zudem in einer Gastrolle in The Ellen Show (2001), Spin City (2002) und Judging Amy (2004), ergatterte eine Nebenrolle in dem Film „Flight Girls“ (2003). Weitere Serienrollen übernahm er dann in Regular Joe und Kitchen Confidential (2005-06).
Dann im Jahr 2007 schloss sich John Francis Daley dem Jeffersonian Institute in Bones (2007-14) an und spielte die Rolle des Psycholgen Dr. Lance Sweets. In dieser Rolle erschien er auch im Spin-off The Finder (2012).
Auf der Leinwand erschien der Darsteller in kleineren Rollen in Filmen wie „Kill the Boss“ (2011) und „Der unglaubliche Burt Wonderstone“, für die er zusammen mit seinem Partner Jonathan Goldstein die Drehbücher schrieb.