Freddie Prinze, Jr. kam als Freddie James Prinze in Los Angeles zur Welt. Seine Mutter Kathy Prinze (geborene Kathy Elaine Barber) ist Hausfrau, während sein Vater Freddie Prinze als Comedian und Schauspieler sein Geld verdiente. Freddie Prinze, Jr. ist puerto-ricanischer, deutscher, englischer und irischer Abstammung. Freddie lebte in seiner Jugend in Albuquerque, New Mexico. Er besuchte in seiner Kindheit drei verschiedene Schulen.
Nach seinem Schulabschluss 1994 zog Freddie nach Los Angeles, um sich auf eine Schauspielkarriere zu konzentrieren. Er bekam sofort Hauptrollen in mehreren Episodenserien, eine davon war eine Episode der US-Serie Family Matters. Es war nur eine kleine Rolle und er hatte nur vier Zeilen Text, aber er sagt über diesen Moment „Das war mein großer Durchbruch, und ich dachte, es wäre großartig“.
Danach trat er in einigen Fernsehfilmen auf, darunter „Junge Schicksale: Too Soon for Jeff“ (1996) und „Todesschüsse im Klassenzimmer“ (1997) mit Ricky Schroder und Henry Winkler in den Hauptrollen.
Freddie ist mit der Schauspielerin Sarah Michelle Gellar seit 2002 verheiratet, mit der er zwei Kinder hat.