Die Flashpoint-Darstellerin hat so große Ähnlichkeit mit Jennifer Garner, dass sie sogar von Fans ihrer Kollegin um Autogramme gebeten wird. In einem solchen Fall macht es ihr laut eigener Aussage großen Spaß, die Verwechslung nicht aufzuklären sondern ein Garner-Autogramm zu geben.
Als Teenager nimmt die Tochter eines Autohändlers und einer Managerin in einem Kleidungsladen an Turnwettbewerben in den USA und Europa teil, ihre Disziplinen sind der Stufenbarren, der Schwebebalken und das Bodenturnen. Mit 17 schmeißt Amy Jo Johnson dieses Hobby hin und wendet sich einem anderen zu, der Schauspielerei. Nur wenige Monate später zieht sie nach New York City, um am Lee Strasberg Institute Unterricht zu nehmen. Anschließend zieht sie nach Los Angeles und ergattert ihre erste große Rolle, noch bevor alle Umzugskartons ausgeräumt sind: Sie wird der pinke Ranger in der Serie Power Rangers. Für diese Rolle kommt ihr ihre Gymnastikerfahrung gerade recht. Mit dieser Rolle gewinnt sie sofort eine große Fangemeinde, trotzdem steigt sie nach zwei Jahren aus und übernimmt die Hauptrolle in dem Disney-Film „Susie Q - Engel in Pink“.
1998 ist ein schwieriges Jahr für die Darstellerin. Ihre Mutter wird mit Krebs diagnostiziert, fast gleichzeitig ergattert sie eine Hauptrolle in der Serie Felicity. Zunächst überlegt sie abzusagen, um bei ihrer Mutter sein zu können, doch dann nimmt sie die Rolle an. Nach zehn Monaten Krankheit stirbt ihre Mutter im Winter desselben Jahres und Amy Jo Johnson wird zum Star. Doch im Jahr 2000 hilft auch Ablenkung durch Arbeit nicht mehr viel, sie steigt aus der Serie aus, um Zeit für die Verarbeitung der Trauer um ihre Mutter zu haben.
In den Jahren darauf ist sie in zahlreichen Filmen zu sehen, darunter „Islander“ und „Summer Song“ bis sie 2008 wieder in eine Serie einsteigt und wieder auf das richtige Pferd gesetzt hat: Mit Flashpoint feiert sie mehr als 70 Episoden lang große Erfolge.
2014 übernimmt sie die Rolle der Hayley Price in der Serie Covert Affairs.
Daneben ist sie auch als Sängerin aktiv und hat bereits mehrere Alben veröffentlicht. Unter anderem sind Lieder von ihr auch in ihren Serien Felicity" und Flashpoint" zu hören.
Im August 2009 heiratet sie den Vater ihres damals acht Monate alten Babys, Olivier Giner. Die gemeinsame Tochter heißt Francesca Christine. 2015 bekommt sie die kanadische Staatsbürgerschaft verliehen. Die Familie hat eine Bulldogge namens Lucy.