Misato, Shinji und seine Klassenkameraden landen auf einem Flugzeugträger der UN-Pazifikflotte, um die Evangelion-Pilotin Asuka Langley Soryu und ihren EVA-02, die gerade aus Deutschland angereist kommen, zu eskortieren. An Bord ist auch Kaji Ryoji, der Exfreund von Misato, der Asuka begleitet und einen speziellen Auftrag für Kommandant Ikari zu erfüllen hat. Obwohl die erste Begegnung zwischen den Children alles andere als freundschaftlich ausfällt, müssen Shinji und Asuka in EVA-02 zusammenarbeiten, als ein Engel aus dem Wasser heraus die Flotte angreift.

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