Johnathan Fernandez ist in Brooklyn, NY geboren. Als er 7 Jahre alt war, zog seine Familie zu den Poconos in Pennsylvania. Er fing an, Komödie an der Penn State University zu machen, wo er in Telekommunikation studierte und einen Abschluss in Filmwissenschaften erlangte.
Nach seinem Abschluss kehrte er nach New York zurück und begann, in diversen Fernsehproduktionen zu arbeiten. Nebenbei studierte er Improvisation am Upright Citizens Brigade Theatre.
Seit 2016 spielt Johnathan Fernandez die Rolle des filmliebenden Gerichtsmediziners Scorcese in der US-Serie Lethal Weapon.