Ben Whishaw wurde durch seine Rolle als Q in der James-Bond-Filmreihe bekannt und spielte diesen ikonischen Charakter erstmals in „Skyfall“ (2012). Während der Arbeit an der Serie Paddington, in der er dem Bären seine Stimme lieh, stellte er fest, dass er keine Ahnung hatte, wie man „marmalade sandwiches“ richtig ausspricht.
Bereits vor seinem Abschluss an der Royal Academy of Dramatic Art im Jahr 2003 steht Ben Whishaw für verschiedene Produktionen vor der Kamera. Seinen Durchbruch hat der Brite 2006 mit der Hauptrolle in der Romanadaption „Das Parfum“. 2009 spielt er an der Seite von Clive Owen und Naomi Watts im Thriller „The International“ sowie neben Abbie Cornish im romantischen Drama „Bright Star“.
Seine erste Serienhauptrolle übernimmt Whishaw 2011 in The Hour, die Dramaserie wird nach zwei Staffeln von der BBC eingestellt. Als neuer Q debütiert der Schauspieler 2012 im James Bond Film „Skyfall“. Im gleichen Jahr arbeitet er abermals mit Regisseur Tom Tykwer zusammen, nach „Das Parfum“ und „The International“ dieses Mal in „Cloud Atlas“.
Im Familienfilm „Paddington“ spricht Ben Whishaw 2014 die Stimme des titelgebenden Bären. 2015 ist der Darsteller gut beschäftigt und übernimmt nicht nur eine Hauptrolle in der fünfteiligen Krimiserie London Spy, sondern schlüpft erneut in die Rolle des Q in „Spectre“ und spielt in den Filmen „Suffragette“, „In the Heart of the Sea“ sowie „The Danish Girl“.
Für die Dramedy „A Hologram for the King“ holt ihn 2016 erneut Tom Tykwer vor die Kamera, die Hauptrolle des Films spielt Tom Hanks. 2017 spricht Whishaw abermals den liebenswert-chaotischen Bären in „Paddington 2“. In „Mary Poppins Returns“ spielt er 2018 den erwachsen gewordenen Michael Banks in der Fortsetzung des Kultfilm „Mary Poppins“. An der Seite von Hugh Grant erscheint er außerdem in der Miniserie A Very English Scandal.
Ben Whishaw ist neben seinen Filmengagements auch regelmäßig auf der Theaterbühne präsent.
In den frühen 2000er Jahren empfand Whishaw es als herausfordernd, seine Sexualität in der Schauspielbranche offen zu leben. Er beschrieb die damalige Zeit als stressig und betonte, dass das Coming-out in seinen Mittzwanzigern sein Wohlbefinden erheblich verbessert habe.
Im August 2012 geht Whishaw eine eingetragene Lebenspartnerschaft mit dem australischen Komponisten Mark Bradshaw ein, den er 2009 am Set des Films „Bright Star“ kennengelernt hatte. Die Beziehung endete nach zehn Jahren einvernehmlich.